Los Reinos Mossi mantuvieron su resistencia frente al Islam. Durante el siglo XVI alcanzaron su máximo esplendor. El primer núcleo fue el Reino de Gambaga y después siguieron otros reinos que obedecían al árabe Naba.

A finales del siglo XIX los franceses llegan a la zona y crean la colonia llamada Alto Volga, con territorios usurpados a Níger y a Mali. En 1932 esta colonia, Alto Volga, se divide entre Mali, Níger y Costa de Marfil. Pero, en 1947, vuelve a unificarse hasta que en agosto de 1960 se independiza.

El primer presidente fue Mauricio Yameogo que pronto sufrió un golpe militar (1966), secundado por el general Lamizans. Este instauró un sistema democrático que en 1980 derribaron los militares.

En 1983 Sankara proclama la República de Burkina Faso. De nuevo, en octubre de 1987, otro golpe de Estado al que se suma la muerte de Sankara. Esta vez fue Campaore, un colaborador de Sankara, quien proyectó el derrocamiento. En la actualidad el Presidente, desde octubre de 1987, es Blaisé Compaore, siendo su primer ministro Kadré Désire Ouédraogo, desde febrero de 1996.