La historia de Burundi se remonta a tiempos muy antiguos; Ptolomeo, geógrafo griego, ya hace referencia a él. También se han encontrado en excavaciones realizadas junto al Lago Tanganica utensilios del Período Mesolítico.

Los pigmeos Batwa fueron los primeros pobladores del país, actualmente sólo representan el 1% del total de la población. Estos fueron desplazados hacia la selva y las zonas montañosas en torno al año 1000 por los bahutus o hutus, tribu de la familia bantú, que se asientan en lugares cercanos al agua.

Durante los siglos XVI y XVII se produce otra invasión, pero esta vez por parte de los tutsi, una tribu guerrera y ganadera de origen etíope. Progresivamente fueron tomando posiciones en Ruanda y Burundi y establecieron una jerarquía: los tutsi se ocupan de la guerra y ganadería, los bahutus de la agricultura y los bawta de la artesanía y la caza; por encima de todos se encuentra la monarquía cuyos miembros son tutsi.

El primer rey tutsi fue Ntare Ruhatsi, quien fijó las fronteras actuales y unió a los pueblos que habitaban las colinas del centro. Poco a poco se unificaron las tres etnias en lengua y cultura. Hubo una dinastía de 17 reyes.

En Ujiji vivía el pueblo swahili que intentó instalarse en Burundi, pero fueron rechazados.

Durante el siglo XIX, en la Conferencia de Berlín, las potencias europeas se repartieron Africa; Burundi y Ruanda le tocaron a Alemania. En 1888 Alemania conquista Burundi, y en 1899 Tanganica, Burundi y Ruanda forman el Africa del Este alemana. En 1903 el rey Mwegi Gisabo acepta el protectorado alemán.

Como las fronteras del Congo Belga no estaban claras, en 1910 se celebra la Conferencia Anglogermana quedando algunos poblados tutsi y hutu dentro de las fronteras del Congo Belga. Enseguida los belgas ocupan Burundi y Ruanda, pasando en 1924 a Protectorado de Bélgica con el nombre de Ruanda-Urundi.

En 1958 el príncipe Louis Rwagasore crea un partido progresista que en 1961 gana las elecciones; 15 días después es asesinado.

André Muhirva sucede a Rwagasore y el 1 de julio de 1962 obtiene la independencia. Con la muerte de Rwagasore las diferencias étnicas se acentuaron y así han seguido hasta nuestros días con numerosas sublevaciones y sangrientos enfrentamientos entre ellos. Hasta mediados de la década de los 60 los sucesivos gobiernos estuvieron representados casi por igual por ambas etnias. Pero, en 1965 el primer ministro hutu es asesinado y el rey disuelve entonces el parlamento y convoca nuevas elecciones. Los hutu ganan las elecciones, pero el rey nombra como primer ministro a un tutsi, provocando la rebelión de los hutu. Al año siguiente el rey es depuesto por su hijo que apenas consigue estar en el poder 2 meses, pues, a su vez, es depuesto por el primer ministro que es un militar tutsi. Así se van sucediendo en el país familiares de este primer ministro tutsi; uno de ellos, Buyoya, en 1987 derroca al presidente Bagaza y asiste a los enfrentamientos de 1988 cuando en el norte del país los hutu asesinan a sus vecinos tutsi. Buyoya entrega la mitad de los ministerios a los hutu y nombra un primer ministro hutu. Se promulga la Carta de Unidad Nacional garantizando iguales derechos para hutu, tutsi y twa.

En 1990 un grupo de refugiados hutu en Tanzania realiza una incursión pero es sofocada; en 1991 llegan hasta la capital. La situación se mantiene en tensión.

En 1993 se celebran elecciones donde gana el candidato de la tribu hutu, Ndadaye. Este, junto con seis ministros más, son asesinados meses después por los militares, pero el golpe falla y la primera ministra recupera el poder. En febrero de 1994 se desata otra nueva rebelión por la sucesión en el poder, el presidente electo Ntaryamira es asesinado.

En 1995 las ONG denuncian el asesinato de 400 hutus al noreste del país por los tutsi.

En la actualidad el presidente es Pierre Buyoya y como primer ministro del gobierno, Pascal Firmin Ndimira, desde agosto de 1996.