En los archivos de la historia occidental aparece Guinea Ecuatorial a raíz de que los portugueses descubrieron sus territorios en siglo XV. En 1470 es descubierta la isla de Carisco y dos años después la isla de Annobón. Ese mismo año Fernando Po bautiza como "Fermosa" a la isla que luego llevaría su nombre y que actualmente se conoce con el nombre de Bioco.

La relación con España comienza a partir de 1582, cuando se anexa Portugal a la corona de Felipe II. Con la independencia de los portugueses, en 1648, esa zona vuelve a estar bajo su dominio. Después de 130 años, se firma el Tratado de El Pardo del 24 de marzo de 1778 entre españoles y portugueses y se acuerda cederle a España los territorios del Golfo de Guinea. Así es como el 21 de octubre de ese año arriban la fragata Santa Catalina y el bergantín Santiago al mando del brigadier Conde de los Arguelejos. El comando ataca la bahía de Fernando Po (actual Lubá) y se apodera de la región.

Con el Tratado de París de 1900 España pierde las posesiones que tenía en la zona y que correspondían a lo que hoy es Camerún, Nigeria y Gabón, quedándose solamente con 28,000 km2 de ese territorio, extensión que hoy corresponde a Guinea Ecuatorial. En 1959, estos territorios dejan de ser colonia y pasan a convertirse en provincia ultramarina. Ya para 1963 se le concede el gobierno de autonomía y alcanza la independencia total el 12 de octubre de 1968, bajo la presidencia de Macías Nguema. Meses después las relaciones con España se deterioraron cuando se descubrió que el país prácticamente carecía de divisas.

Nguema expulso al embajador español en el país y España movilizó sus fuerzas estableciéndose un estado de emergencia en el país. Durante diez años de dictadura el clima fue de conflicto. Guinea Ecuatorial se sumió en una serie de conspiraciones y enfrentamientos entre el gobierno y las fuerzas opositoras. En 1979 sólo un tercio de la población que habitaba el país en tiempos de su independencia permanecía en el territorio.

Las persecuciones no sólo se dirigieron a los líderes políticos, sino también a la iglesia. Las escuelas fundadas por misioneros religiosos fueron cerradas definitivamente en 1975 terminando también con la educación formal en el país, a este hecho siguió el cierre de todas las iglesias. Con este estado de cosas, incluso los miembros cercanos al presidente decidieron que se habían rebasado los límites de la cordura. Un golpe de estado tomó las riendas del gobierno y Nguema fue asesinado en septiembre de 1979. El nuevo régimen fue encabezado por Nguema Mbasogo Obiang, sobrino del dictador y actual líder del país.

Las circunstancias parecieron cambiar e incluso se celebraron elecciones en 1984, cuyos resultados eran predecibles: una nueva etapa de represión. Por otro lado, el gobierno dio un paso positivo en su administración y fue la alianza a la zona francesa del CFA (Comunidad Financiera Africana). Este hecho permitió al país un mayor flujo de comercio con sus vecinos Gabón y Camerún. También se consiguieron apoyos importantes por parte del Fondo Monetario Internacional y de Banco Mundial.

Guinea Ecuatorial ha intentado incursionar en el ambiente de la democracia multipartidista; sin embargo, el proceso se vive lentamente. Hoy, a pesar de haberse llevado a cabo elecciones parlamentarias, aún continúan dirigiendo el gobierno Obiang y sus allegados.