Hasta los comienzos de la independencia, la historia de Ruanda es prácticamente igual a la de Burundi, ambas repúblicas formaron parte de la antigua Africa Oriental Alemana al ser colonizados por Alemania en 1890; después de la 11 Guerra Mundial pasaron a estar bajo mandato belga con la supremacía de los tutsi, y en 1947 se convirtieron en fideicomiso belga de las Naciones Unidas. En 1959, al morir el rey Nmatara III, los tutsi toman el poder y matan a los nobles hutu; éstos se rebelaron y se vengan matando a miles de tutsi; otros muchos tutsi huyeron a los países vecinos. El 1 de julio de 1962 obtuvieron la independencia y se convirtieron en República de Ruanda y República de Burundi. Desde 1925 hasta 1947 el territorio estuvo unido administrativamente al Congo Belga y regido por un subgobernador.

La Administración belga se vio forzada a introducir reformas en los momentos en que se estaba fraguando la independencia. En esos momentos el poder lo tenían los hutu bajo el mando de Kayibanda. Los tutsi comenzaron una guerra de guerrillas de la que salieron perdiendo: miles de tutsi fueron brutalmente asesinados y mutilados.

En 1972 tienen lugar en Burundi varias matanzas y vuelve entonces a resurgir el odio contra los tutsi. El comandante Habyarimana se hace con el poder tras un golpe de estado y constituye el partido único MRND, que aún sigue con el poder y del que todo ruandés por nacimiento pertenece.

En 1985 son repatriados unos 30.000 ruandeses que estaban refugiados en Uganda. En 1990 y hasta agosto del 93 se desarrolla una guerra emprendida por guerrilleros del Frente Patriótico de Ruanda (FPR). En agosto de 1993 firman un acuerdo de paz el estado y los jefes del FPR.