Santo Tomé y Príncipe está integrado por dos pequeñas islas de origen volcánico y por varios islotes. Las montañas están cubiertas por muy densa vegetación y las costas, muy recortadas, presentan numerosos accidentes. el pico más alto de las islas es Santo Tomé, 2.024 metros sobre el nivel del mar. No tiene ríos propiamente dichos, sino torrentes estacionales y algunas lagunas.

La vegetación en las islas es la propia de las regiones selváticas, mientras que en los cultivos sobresalen el azúcar, el café y el cacao. Se pueden ver en la selva diferentes especies de animales salvajes, especialmente monos, mientras que las aguas cercanas a la costa son ricas en toda clase de vida marina.