Las islas de Santo Tomé y Príncipe fuero avistadas por primera vez por navegantes portugueses en 1472, y la ciudad de Santo Tomé fue fundada en 1485. Príncipe no fue colonizada hasta 1500. Las islas se convirtieron rápidamente en el mayor productor del mundo de azúcar, aunque a raíz de una revuelta de indígenas en 1530 los dueños de las plantaciones se marcharon a Brasil. Aún después de esto, la economía quedó supeditada al uso de mano de obra esclava, y el azúcar fue sustituido por plantaciones de café y cacao.

Los habitantes de las islas, incluyendo a los traídos para trabajar desde Angola, Mozambique y Cabo Verde, intentaron en numerosas ocasiones obtener la libertad de los colonizadores portugueses, pero fueron siempre sangrientamente sometidos. El caso más documentado es la masacre de 1953, cuando mil forros (descendientes de esclavos liberados) que se negaron a trabajar en las plantaciones fueron abatidos por las tropas portuguesas.

Tras la caída del régimen fascista de Salazar en Portugal, y tras un motín de militares negros, Portugal se vio obligada a conceder a Santo Tomé y Príncipe su independencia en 1975. Temerosos de posibles represalias, los 4.000 colonos y dueños de plantaciones portugueses abandonaron el país, dejándolo sin mano de obra cualificada y con un 90% de analfabetismo. La terrible crisis económica obligó al presidente, el hasta entonces moderado Manuel Pinto da Costa, a ceder ante las presiones de los miembros más radicales de su partido. Santo Tomé y Príncipe se alió con el bloque comunista en lo político -llegó a tener gran dependencia de Angola-, mientras que en lo económico seguía aliado con las potencias occidentales, principalmente Portugal y Holanda.

Tras el colapso del bloque comunista, las primeras elecciones multipartidistas se celebraron en 1991, resultando elegido presidente Miguel Trovoada, hasta entonces en el exilio. Pese a que su partido -Partido de Convergencia Democrática- fue derrotado en los comicios de octubre de 1994, Travoada continúa como presidente de la nación.