Se supone que los primeros en llegar a estas islas, en el siglo IX, fueron los comerciantes árabes. De hecho, cuando se produjo el descubrimiento oficial por los portugueses al mando de Vasco de Gama en el siglo XVI, el piloto de la nave era un árabe. En 1501, Joo de Nova bautizó uno de los grupos de islas con el nombre de Farquhar y en 1505 Vasco de Gama navegó por las Almirantes otorgándoles este nombre.

Posteriormente también los británicos pasaron por estas islas sin concederles demasiada importancia.

A finales del siglo XVI y principios del XVII las Seychelles eran un reducto de piratas, aunque no está fehacientemente demostrado, existen numerosas leyendas que hablan de tesoros escondidos y de que en estas islas los corsarios reponían fuerzas, guardaban botines y reparaban sus naves.

Cuando el comercio con la India empezó a ser básico para Francia e Inglaterra las Seychelles cobraron una gran relevancia. Exploradas por un francés, Lazare Picault de 1742 a 1744, los franceses al mando del capitán Nicholas Morphey someten en 1756 las islas bajo el dominio de Francia denominándolas Seychelles por el ministro de finanzas de la época, Jean Moreau de Séchelles.

En 1770 el empresario du Barré decide impulsar la colonización de estas islas enviando a 26 colonos a St. Anne. Por su parte el gobierno francés establece su propia colonia en Mahé. En esta isla, y en la misma época, Pierre Poivre, administrador de Mauricio, emprende la tarea de cultivar las especias tan apreciadas hoy y para ello impone la esclavitud como mano de obra. Ninguna de estas dos colonizaciones triunfó pero sirvió para dejar una mínima población en las islas.

En 1793 llega a las Seychelles Jean Baptiste Ouéau de Quincy quién consigue que durante la guerra entre Francia e Inglaterra las islas no pasaran a ser británicas. En 1801 Napoleón manda a estas islas 70 criminales que habían cometido varios atentados durante la Revolución convirtiendo este territorio en un centro de deportación.

En 1810 las Seychelles fueron ocupadas por los británicos adquiriéndolas legalmente por los tratados de 1814-1816 y pasando a depender de las Islas Mauricio. Los ingleses mantienen a Quincy como administrador, más tarde sería nombrado juez de paz. Fue muy respetado por los habitantes de la isla hasta su muerte en 1827.

En 1839 se abole definitivamente la esclavitud en las islas abonándose a los propietarios una indemnización. Los antiguos esclavos permanecieron en este territorio ganándose la vida con la pesca y los pequeños cultivos ya que los grandes propietarios se resistían a pagar una mano de obra que habían tenido durante años de forma gratuita. Este problema se solucionó con la contratación de esclavos liberados por los barcos ingleses que estaban dispuestos a trabajar por muy poco consiguiendo que la agricultura volviera a resurgir.

En 1903 el cargo de administrador pasó a convertirse en el de gobernador. Durante la Primera Guerra Mundial las Seychelles sufren una grave crisis ya que se interrumpe todo tipo de comercio.

En 1930 reciben el estatuto colonial pasando a depender directamente de Gran Bretaña.

Los problemas económicos de las islas vuelven a repetirse durante la Segunda Guerra Mundial y para solucionarlos se forma la primera organización política de las Seychelles, la Asociación de Contribuyentes, que se declaran en contra de las grandes potencias mundiales.

En 1964 nacen dos nuevos partidos políticos que cambiaron el panorama político de las islas, el Seychelles Democratc Party, SDP, que era partidario de mantenerse bajo el protectorado británico y el Seychelles Peoples United Party, SPUP, que luchaba por la autonomía. Tres años más tarde se celebran las elecciones del Consejo legislativo y por primera vez se hacen a través de sufragio general. En 1970 se promulga una nueva Constitución por la que se establece un gabinete ministerial y un parlamento compuesto por 15 miembros que sustituye al Consejo Legislativo. En las elecciones celebradas en noviembre sale elegido como jefe de gabinete J. Mancham del SDP, siguiendo la política de integración con Gran Bretaña. El apoyo de la OUA al SPUP consigue que el partido independentista vaya adquiriendo fuerza consiguiendo que en las elecciones de 1975 se forme un gobierno de coalición entre las dos fuerzas. Previamente Gran Bretaña otorgó el autogobierno a estas islas y fijó la fecha de su independencia para el año siguiente.

En 1976 las Seychelles fueron proclamadas república independiente integrada en la Commonwealth. Manchan es elegido presidente y René, el líder de la SPUP como primer ministro. Al año siguiente René da un golpe de estado y suspende la constitución. Se inicia una política de reforma agraria y de alfabetización de la población como grandes metas. En 1978 ante el intento de un nuevo golpe de estado se declara el estado de emergencia en el país y en marzo de 1979 se promulga una nueva constitución. En el mes de junio se celebran elecciones democráticas en las que René es elegido presidente de la República.

En 1982 el gobierno apoyado por el ejército tanzano sofoca un levantamiento militar. Al año siguiente se crea la Comisión del Océano Indico en la que junto a Madagascar y Mauricio las Seychelles promueven la cooperación regional. En 1989 René gana de nuevo las elecciones siendo el único candidato presentado.