En el año 1.500 a.C. Uganda sufrió invasiones camitas. Los buganda han sido sus habitantes desde tiempo atrás.

Uganda fue descubierta en 1862 y junto con Kenia y Tanzania fue uno de los territorios que integraban el África Oriental Británica.

En 1862 llegaron los primeros exploradores ingleses. El objetivo era descubrir las fuentes del Nilo. Encontraron en las riberas septentrionales del Lago Victoria al pueblo negro buganda, regidos por el kabaka. Como éste se mostró favorable, pronto llegaron misioneros católicos y anglicanos.

Al morir el soberano, entre 1885 y 1887 tuvieron lugar matanzas de católicos, algunos de ellos indígenas. Más tarde hubo un período de calma, tras un acuerdo anglo-germano en el que entraba bajo influencia inglesa. En 1894 se instaura el protectorado británico.

Durante el siglo XX la evolución fue tranquila, pues se prohibía a los blancos adquirir tierras. La dificultad vino por las diferencias entre el gobierno británico y el monarca de Buganda. En 1953 tuvo lugar la crisis más importante de este periodo: fue depuesto y exiliado el kabaka; hasta 1955 no volvió al trono.

En 1960 Buganda se declara Estado independiente, pero el gobernador de Uganda se opuso. En 1961 hubo elecciones generales y salió vencedor el partido demócrata. El 9 de octubre de 1962 alcanza la independencia y cesa el protectorado británico. Se promulga una constitución esencialmente republicana y se mantiene el estatuto de pertenecer a la Commonwealth. El presidente de la República era el rey de Buganda. En febrero de 1966 el jefe de gobierno Milton Obote dio un golpe de estado y toma el poder de un régimen presidencialista.

En la actualidad el jefe de estado es Yoweri Kaguta Museveni y el jefe de goboerno Kintu Musoke, desginado como tal en el año de 1996.