La población, de unos 622.000 habitantes (según estadísticas del año 1997), esta compuesta de una mayoría de afars (47%), étnicamente unidos con Eritrea y Etiopía, y los issas (38%), que se emparentan con Somalia. También existen minorías como los somalíes de los clanes "gadaboursi" e "Isaaq", y grupos de franceses y yemeníes.

Las principales poblaciones del país son: Yibuti con cerca de 300.000 habitantes, Ali-Sabieh con 4.000 habitantes y Tadjoura con 3.500 habitantes.

La mayoría de la población es musulmana, cerca del 90%; el resto, sobre el 10%, es sobre todo cristiana.

Cerca de 150.000 refugiados se establecieron en Yibuti debido a las guerras civiles de Etiopía y Somalia. Los llegados de Etiopía comenzaron un lento retorno a finales de 1994.