El país está situado frente al estratégico estrecho de Bab al-Madeb, que separa el Mar Rojo y el Golfo de Adén, zona en la que se fractura la corteza terrestre separando las placas africanas y arábiga. Los fenómenos volcánicos son frecuentes.

Los 23.000 kilómetros cuadrados de Yibuti se pueden dividir en tres regiones geográficas: las llanuras costeras, las mesetas volcánicas del sur y la parte central del país, y, por último, la zona montañosa del norte. En esencia, el país el un gran trozo de tierra baldío con práctica ausencia de tierras cultivables.

El clima es sobre todo caliente y seco, pero con una estación fría y ocasionalmente lluviosa que va de noviembre a abril.

Los representantes de mayor tamaño de la flora son los baobabs, los sicomoros y las palmeras dum. De menores dimensiones, pero de gran importancia, son las extensiones de manglares. La flora de las zonas esteparias son de carácter xerófilo; están muy extendidas varias especies de acacias.

La fauna está compuesta principalmente por cabras, ovejas y camellos.