Antes de la llegada de los europeos, el territorio de la Guayana Francesa estaba habitado por tribus indígenas. En la costa, vivían los Caribe, que se mostraron hostiles a la ocupación, los arawak y los palicur, y en el interior las tribus wayana, oyampi y emerillon. Los primeros asentamientos europeos tuvieron lugar en el siglo XVII, en Cayenne. Se disputaron el territorio los holandeses, portugueses, británicos y franceses, quedándoselo por fin éstos últimos. Gentes traídas de Africa como esclavos trabajaban las plantaciones, el negocio más lucrativo de la colonia, pero cuando se devolvió a estos la libertad, el negocio se vino a bajo.

En el siglo XIX se descubrió oro en el territorio aunque no fue de gran ayuda para la economía y alejó a la mano de obra agrícola, provocando, además, disputas fronterizas. Los franceses utilizaron la colonia como lugar ideal donde establecer sus prisiones, entre los penales más famosos está el de la Ile du Diable, donde pasó algunos días Papillon.

Los exiliados morían de enfermedades y la colonia penal tampoco sirvió para desarrollar la economía. A mediados del siglo del siglo XX después de respaldar a Francia en las guerras europeas, la colonia se convirtió en un departamento de ultramar, llamado oficialmente Guayana Francesa. La última prisión se cerró en 1953. Kourou se transformó en los años sesenta en una base para el lanzamiento de los cohetes Ariane de la Agencia Espacial Europea.