Durante los siglos XV y XVI se desarrolló como una poderosa nación conocida formalmente como Brunei Darussalam extendiendo sus relaciones hacia Borneo y las Filipinas. Fueron los españoles y los portugueses quienes arribaron por primera vez a la zona hacia el siglo XVI, pero sus intentos de dominio del territorio fueron prontamente declinados por las fuerzas locales.

El arribo de las fuerzas británicas bajo el liderazgo de James Brooke en el siglo XIX hizo sucumbir a los lugareños. Posteriormente, una serie de tratados impusieron el dominio imperial cuya fuerza comercial se estableció en el territorio bajo la justificación de defensa de la zona de los ataques de los piratas.

El país fue gradualmente dividido y, en 1890, Limbagn fue cedido a la zona de Sarawak, lo que significó su partición en dos. Pasados los años, en 1929, cuando estuvo a punto de ser absorbido en su totalidad, hubo un hallazgo de petróleo en la zona que le sirvió para continuar con su estructura geográfica. El padre del actual Sultán, quien abdicó en 1967, mantuvo a Brunei fuera de la confederación de Malasia y prefirió dejarlo en manos del protectorado inglés que venía desarrollándose desde 1888.

En 1962, durante el proceso de preparación para la unificación con Malasia, Gran Bretaña presionó al Sultán Omar Saifuddin a celebrar elecciones. El partido de la oposición el Ra'ayat, encabezado por A M Azahari, no estaba dispuesto a permitir la anexión de su país ni continuar con el régimen monárquico del Sultán. Azahari huyó a Filipinas desde donde dirigió una rebelión armada contando con el apoyo de Indonesia. El levantamiento fue controlado rápidamente por los militares británicos y el Sultán tuvo que optar por la independencia en medio de un estado de emergencia.

A comienzos de 1984 Brunei fue declarado completamente independiente de Gran Bretaña. Desde entonces el país se reforzó en el islamismo fundamentalista y se ha orientado rumbo a la modernización y los valores occidentales de desarrollo. La ideología nacional es el Melayu Islam Beraja (MIB) que se ha impuesto sobre la cultura malaya, el islamismo y la monarquía, y es promovida por los ministros de educación, religión y medios de información. En 1991, la venta de alcohol fue prohibida y se introdujeron estrictos códigos de vestimenta y en 1992 el MIB se convirtió en una materia estudiada en las escuelas.