La historia concreta de Bután aún guarda secretos para los historiadores. Los orígenes más concretos se encuentran en algunas crónicas locales de los monasterios y aún queda mucho por investigar pues conocer el país por su historia es también entender su misticismo. Michael Davis, el mejor conocedor de Bután se encuentra entre los tibetólogos más reconocidos y es quien ha dado a la luz lo que se conoce actualmente. Los datos históricos hablan de la existencia del rey del Tíbet Songtsen Gampo, que fue el primer líder que reconoció oficialmente al budismo como religión del país y mandó construir los monasterios de adoración al culto no sólo en su propio territorio, sino también en áreas vecinas entre las que se encontraba Bután. Así se edificaron construcciones religiosas en Kyichu, en el valle del Paro y en Jampa, en el valle de Bumthang.

Otra fuerte influencia recogida por las crónicas cuenta la existencia del santo Indio Furu Padmasambhara, que fuera conocido popularmente como el fundador del budismo tibetano, pues incluso le seguía una particular escuela llamada Nyngma. Se cuenta que durante el siglo IX Padmasambhara visitó Bután en dos ocasiones, influyendo así a los pobladores con las creencias de su religión.

El paso del tiempo trajo consigo la visita de numerosos lamas tibetanos pertenecientes a diversas sectas. Cuando en la India se derrumbaba la supremacía del budismo, en el Tíbet se suscitaron una serie de luchas entre las numerosas sectas que querían obtener la supremacía en el país. La fuerza triunfal quedó en la ascensión del Dalai Lama, jefe de los "bonetes amarillos" quien forzó a los demás a correr a otras regiones. Así fue cono los Kagupa o "bonetes rojos" se instalaron Bután, Nepal y Sikkim.

Diversos enfrentamientos dieron pie a la imposición de la secta de los Drukpas allá por el siglo XVII. Con Ngawang Namgyel como líder, se logró consolidar el estado unificado en el siglo XVII. Se estableció el sistema dual de administración que diferenciaba lo religioso de lo secular, se dividió al país en tres grandes provincias Dagana, Paro y Tongsa, y se establecieron relaciones con los demás países tibetanos.

Para el siglo XVIII se suscitaron enfrentamientos con el expansionismo de las fuerzas británicas por la zona de los Duars que dio lugar a la firma del Tratado de Sinchula. Esto significó la pérdida de la zona y la recepción a cambio de un subsidio anual por parte de los británicos. En 1949 el protectorado pasó a la India, que continuó el pago de los subsidios.

Por mucho tiempo las fuerzas del poder estaban divididas en el Dharma Raja, encarnación de Buda, y el Deba Raja. En 1907 se proclama monarca hereditario Ugyen Wangchuk; su sucesor, Jigme Wangchuck es el artífice del moderno Bután. Actualmente gobierna el cuarto rey, Jigme Singye Wangchuk desde la implantación de la monarquía por representantes civiles y monásticos.