El archipiélago de Japón se extiende por más de 3,000 Km. en una especie de arco desde el noreste al sudeste. A pesar de que son más de 3,000 islas e islotes los que conforman el archipiélago, son sólo cuatro las islas principales que representan el 98 % de la superficie total. Por otro lado, cerca del 75% del territorio es montañoso de origen volcánico, contándose 265 volcanes de los que un 10% son activos. Destaca el Monte Fuji con 3,776 m. el más alto del Japón, considerado lugar sagrado. La única llanura de relevancia es la de Kanto, recorrida por el río Tone. Muchas de las montañas son volcánicas, característica que otorga al paisaje una gran belleza pero que encarna una situación de peligrosidad de sobra conocida por los japoneses. La región más afectada es la de Kanto, justo en la que está situada Tokyo.

Las costas representan más de 27.000 Km. de largo y están constituidas principalmente por terrazas rocosas y por frecuentes ensenadas. Entre los ríos más importantes, generalmente breves y de corto recorrido, destaca el Shinano con 396 Km. de longitud.

Honshu, Hokkaido, Kyushu y Shikoku son las cuatro islas principales. Honshu es la isla más grande con 230.500 Km. cuadrados y en ella se encuentran las ciudades mas importantes como Tokyo, Nara, Kyoto u Osaka. Es, además, el corazón cultural, político y social de Japón.

Hokkaido, la segunda isla en importancia, se encuentra al norte de Honshu con 78.509 Km. cuadrados y es considerada la 'última frontera'. Se caracteriza por sus llanuras, por sus hermosos parques nacionales y por guardar los paisajes más impresionantes de Oriente. Aquí se encuentran los ainu, habitantes nativos que se caracterizan por su tez clara, ojos redondos y por sus barba poblada.

Kyushu, con 41.947 Km. cuadrados, al oeste de Honshu es la isla más meridional de Japón. Posee un clima subtropical y es aquí donde nació la civilización japonesa. Es la isla más cercana a Corea y China, razón por la que se ha considerado puerta de entrada y contacto con el continente asiático. Se distingue por sus paisajes naturales, sus estaciones termales y sus cimas volcánicas.

Shikoku, es la isla más pequeña de las cuatro, con 18.757 Km. cuadrados. Se encuentra entre las islas de Honshu y Kyushu, conservando una rica tradición. Frecuentemente pueden verse a numerosos peregrinos con túnicas blancas que acuden a uno de los 80 templos budistas, fundados por el monje Kukai o Kobo Daishi.

Existen dos cadenas de islas al sur de las cuatro islas principales. Las Islas Nansei-shoto se extienden desde Kyushu hacia el sudeste, mientras que las Islas Ogasawara-shoto, se extienden al sur de Tokyo. Destacan, además las islas Yaeyama, Izu o Ryukyu, territorios donde reina la paz y la tranquilidad.

Gracias a la diversidad de la geografía de Japón y del clima, existe una rica flora y fauna. La mayor parte del país, las tierras de Honshu, Kyushu y Shikoku, muestran ciertas similitudes con China y Corea, mientras que el grupo de islas formado por Ryukyu y Ogasawara, son subtropicales, y el norte, concretamente la isla de Hokkaido, presenta características propias.

La flora que el viajero encuentra hoy en Japón no se parece mucho a la que existía algunos cientos de años atrás. Y esto es así porque la naturaleza ha sucumbido a la moderna cultura urbanística. Muchas especies de plantas han sido introducidas en el país desde el siglo pasado. La mayor parte del Japón ha sido reforestada, aunque la vida moderna, insaciable, se esté comiendo parte de los bosques como ocurre en el resto del mundo. Afortunadamente Japón dispone de un paisaje montañoso a veces poco accesible, lo que ha hecho perseverar en algunos lugares la naturaleza salvaje, como ocurre con la región alpina de la parte central de Honshu y en la isla de Hokkaido.

Algunas flores y árboles tienen significados importantes en la cultura japonesa como las flores del cerezo (sakura) que por su brevedad recuerdan la temporalidad del mundo, el pino (matsu) simboliza la larga vida, mientras que el bambú (take) gracias a su fortaleza y flexibilidad, representa la habilidad para superar las dificultades.

El Oso es el animal más carismático del país, sobre todo para los ainu, que viven en Hokkaido y lo veneran. Existen dos especies de este animal en Japón: el 'higuma', típico de Hokkaido, que puede alcanzar una altura de dos metros y llegar a pesar 400 kilogramos; y el 'tsukinowaguma', que abunda en Honshu, Shikoku y Kyushu, que no sobrepasa el metro y medio y los 200 kilogramos de peso. Otro animal que abunda en Japón es el macaco, un mono que suele medir unos 60 cm. Este mono es originario del país. Un animal único en Japón es la Salamandra gigante y un casi 'fosil viviente', el gato iriomote.

Existe numerosas especies de aves, insectos y animales pequeños. Las grullas danzan sobre el hielo en las marismas de la isla de Kushiro, al norte del Japón. Más de 300 aves se reúnen sobre la superficie helada del agua durante el invierno japonés. En las montañas pueden verse además de osos, zorros y tejones.

En Japón existen unos 28 parques nacionales, administrados directamente por el Ministerio de Medio Ambiente, y 55 que ostentan casi el título, pues son administrados indirectamente. Los parques representan un esfuerzo por mantener los espacios naturales y los japoneses son conscientes de ello, por eso se empeñan en su cuidado. En cada región hablaremos de cada uno de ellos.