Los primeros habitantes conocidos de lo que hoy es Kirguizistán fueron las tribus guerreras de Saka, desde el siglo VI a.C. hasta aproximadamente el V d.C. Los culturizados turcos quaranids, que llevaron el Islam a Asia Central, gobernaron de los siglos X a XII. Tras haber sido parte del imperio de Gengis Khan, en 1685, la paz de que disfrutaba la región se vio interrumpida por la llegada de los Oyrats de Mongolia, que desplazaron a los kirguís hacia el sur. La derrota de los Oyrats dejó a los kirguís en manos de los chinos, que les permitieron seguir con sus hábitos nómadas.

Como el resto de Asia Central, el territorio kirguís pasó a control ruso en la segunda mitad del XIX, y a las tribus kirguís se les fue delimitando el territorio de la que en 1936 se convertiría en una República Socialista Soviética. Las colectivizaciones forzosas de los años treinta provocaron el descontento de los kirguis, cuyos líderes más destacados fueron víctimas de las purgas de Stalin.

En los años de la perestroika, los problemas de empleo y vivienda aceleraron la aparición de grupos opositores, pese a lo que las elecciones de 1990 fueron ganadas por el candidato del Partido Comunista, que renunciaría poco más tarde en favor de Askar Askaev, un físico presidente de la Academia Kirguís de las ciencias que desde entonces ostenta el poder.

Kirguizistán logró su independencia el 31 de agosto de 1991. Akaev fue reelegido, y se ha mostrado como un convencido reformista y cuenta con un fuerte respaldo popular según mostraron los comicios de enero de 1994.