La historia del país está muy ligada en sus principios a la tradición hindú. Las originarias migraciones de pobladores a Pakistán se remontan a 4,000 años atrás en zonas como Lahore - la segunda ciudad más grande del país y capital de la provincia de Punjab - cuya fundación estuvo en manos de dos hijos de Lord Rama, aunque existen discrepantes opiniones que afirman que los orígenes se encuentran hace 2.000 años cuando se instaló un peregrino chino por la zona. Otros datos históricos afirman que los arios llegaron a la zona de Rawalpindi e Islamabad en el siglo XV y fueron sucedidos por invasiones persas, griegas y partas.

Lo cierto es que la diversidad de poblaciones que migraron de otras regiones y se asentaron en la zona fue tomada por la expansión británica y el país no consiguió su independencia sino hasta 1947, cuando se separó a su vez de la India, también bajo el dominio de Gran Bretaña. La idea de crear un Estado propio para los musulmanes se acredita al poeta y filósofo Mohamed Iqbal en 1930. La Liga Musulmana hizo suyas estas propuestas bajo el liderazgo de Aji Jinnah en 1940.

El proceso de separación de la India fue producto de una serie de enfrentamientos que causaron estragos en los pobladores, especialmente en la región del Punjab. Una gran procesión de musulmanes hindúes decidieron abandonar las tierras originales para instalarse entonces en la recién creada República Islámica de Pakistán. Originalmente la capital estaba ubicada en Karachi que tuvo las funciones políticas y administrativas hasta 1959, año en que Rawalpindi asumió los poderes por los dos años siguientes. En 1961, se instauró la actual capital en Islamabad. Cabe anotar que de 1947 a 1971, Pakistán Occidental estuvo unido a Pakistán Oriental, del que estaba separado por 1.700 kilómetros, pero este último, con el apoyo de la India, consiguió separarse del primero y proclamar una república independiente con el nombre de Bangladesh.