Los primeros habitantes de Bosnia y Herzegovina fueron los Ilirianos, seguidos por los romanos. Cuando Roma de dividió, el río Drina, que es hoy la frontera entre Bosnia y Herzegovina y Serbia, constituyó en su día el límite entre el Imperio Romano de Occidente y Bizancio.

Los eslavos llegaron en el siglo VII, y a principios del XII la zona estuvo bajo dominio húngaro. Las primeras invasiones turcas datan de 1383, y ya en 1463 Bosnia era una provincia turca con capital en Sarajevo. Herzegovina tomó su nombre del Duque (Herceg) Stejpan Vukcic, que gobernó la parte sur de la actual república hasta la llegada de los turcos.

El renacimiento de los movimientos nacionalistas a mediados del XIX impulsó el sentimiento eslavos, y se registraron levantamientos contra los turcos, que fueron derrotados por Rusia, decidiéndose en el Congreso de Berlín que Bosnia Herzegovina pasara a ser ocupada por el imperio austro-húngaro; la población, que pretendía la autonomía, hubo de ser sometida por la fuerza. El resentimiento por la ocupación extranjera se exacerbó en 1908, cuando Austria se anexó oficialmente Bosnia y Herzegovina. En este clima de hostilidades, el heredero de la corona austriaca, el Archiduque Francisco Fernando, fue asesinado en Sarajevo por un nacionalista serbio el 28 de junio de 1914. Austria, apoyada por Alemania declaró la guerra a Serbia, que se alió con Rusia: la Primera Guerra Mundial estaba servida.

Tras la guerra, Serbia se anexionó Bosnia y Herzegovina, que pasó a ser dominada por la Croacia fascista de 1941, convirtiéndose durante la Segunda Guerra Mundial en el territorio de encarnizadas luchas de partisanos contra el invasor nazi. En 1943, bajo el liderazgo del Mariscal Tito, se establecieron las bases del nuevo estado yugoslavo, dentro del que Bosnia y Herzegovina veía garantizado su status de república.

Tras la caída del muro de Berlín, en las primeras elecciones libres en la república, en noviembre de 1990, los comunistas fueron ampliamente derrotados por dos partidos nacionalistas que representaban a las comunidades serbia y croata, y por un partido de inspiración musulmana que defendía una Bosnia y Herzegovina multiétnica. El líder del musulmán Partido de Acción Democrática, Alija Izetbegovic, que obtuvo el mayor número de votos, fue nombrado presidente.

Musulmanes y croatas se unieron contra los nacionalistas serbios, y declararon la independencia de Yugoslavia el 15 de octubre de 1991. Se rompía así la regla tácita de la política bosnia que otorgaba el veto a cada una de las tres nacionalidades en asuntos de capital importancia. Para legitimar la decisión, se convocó un referéndum en febrero de 1992, y el 99% de los votos apoyaron la independencia. Los parlamentarios serbios optaron por retirase y establecer un parlamento propio en Pale, a 20 kilómetros de Sarajevo.

El gobierno del presidente Izbetgovic trataba de garantizar los derechos de las tres comunidades, y una administración dividida en regiones autónomas, mientras que los líderes serbios de Belgrado incitaban a los serbios bosnios más extremistas a defenderse de un presunto genocidio. Las conversaciones para la división de Bosnia y Herzegovina se rompieron definitivamente a raíz del reconocimiento de la nueva república por la Unión Europea y los Estados Unidos en la primavera de 1992.

Con el apoyo del ejército de Belgrado, los serbios de Bosnia comenzaron las hostilidades, que desembocaron en una sanguinaria guerra civil. El cerco de Sarajevo, las masacres y las inhumanas "limpiezas étnicas" han ocupado los titulares de los medios de todo el mundo hasta hoy día. Con mucho retraso, tras casi 200.000 muertos y más de tres millones de personas desplazadas de sus hogares, la comunidad internacional intervino para imponer las conversaciones de paz de Dayton, Ohio (EE.UU.), en 1996.

Hoy, entre frecuentes y enconadas tensiones, todavía se intentan aplicar los Acuerdos de Dayton, que proponen una república federal con una región autónoma para cada nacionalidad y con una presidencia tripartita. No se puede vislumbrar aún que deparará el futuro en una región cuyas diferencias étnicas, aplacadas durante siglos, han explotado con una violencia y un odio desconocidos en la Europa de la posguerra.