Estonia está situada a orillas del Mar Báltico, a sur del Golfo de Finlandia. Cuenta con un área de 45.000 kilómetros cuadrados y es un país fundamentalmente llano, su costa es escarpada. Hay unas 800 islas en sus mares, entre las más grandes se encuentralas de de Saaremaaihiiumaa. En el territorio hay 1.400 lagos, entre ellos se encuentra el Peipus, en la frontera con Rusia, considerado el cuarto lago más grande de Europa aunque sólo tiene quince metros de profundidad.

La mayor parte del país está cubierto de bosques de pinos y coníferas. La explotación forestal es importante. Se trata de un país predominantemente agrícola que produce importantes cantidades de productos como centeno, avena, cebada, patatas y lino.