Gran parte de los 25.700 kilómetros cuadrados de superficie del país es una meseta situada a una altura que oscila entre los 600 y los 900 metros. El río Vardar cruza Macedonia por su mitad y atraviesa la capital en su camino al mar Egeo, desmbocando cerca de Tesalónica. Los lagos Ohrid y Prespa, en el suroeste, se encuentran entre los mayores de la península balcánica, y el Ohrid es también el más profundo, con 294 metros. En el noroeste, la Sar Planina marca la frontera de Macedonia con Kosovo, y tiene en el monte Titov (2.748 metros) su cumbre más alta. Los tres Parques Naturales del país son Pelister, al oeste de Bitola; Galicica, entre los lagos Ohrid y Prespa; y Mavrovo, entre Ohrid y Tetovo. Macedonia limita al norte con Yugoslavia, al sur con Grecia, al este con Bulgaria y al oeste y suroeste con Albania.

Macedonia es un área agrícola de gran riqueza, que se autoabastece y exporta tomates y pepinos al resto de Europa. Otros cultivos importantes son los cereales, el algodón y el tabaco. La vegetación es típicamente mediterránea, y sus numerosos lagos albergan gran cantidad de especies fluviales, entre las que sobresale la trucha.