La Macedonia histórica (desde donde Alejandro Magno partió para conquistar el mundo antiguo en el siglo IV a.C.), está contenida hoy en su mayor parte en la Grecia actual, lo que los griegos usan como argumento al discutir el uso que del nombre de Macedonia se hace en el presente. Los romanos subyugaron a los pobladores griegos, y cuando el imperio quedó dividido, la región pasó a formar parte del Imperio Romano de Oriente, gobernado desde Constantinopla. Tribus eslavas llegaron a asentarse en el siglo VII, cambiando el carácter étnico de la región. En el siglo XIX fueron conquistadas por Bulgaria, bajo el zar Samuel. Tras pasar de posesión búlgara a bizantina o serbia durante varios siglos, Macedonia fue conquistada por los turcos en 1389, hasta que fueron derrotados por Rusia en 1878.

Por el Tratado de San Estéfano, Macedonia era cedida a Bulgaria, pero las potencias occidentales obligaron a Bulgaria a devolver Macedonia a los turcos, ante el temor de que se convirtiera en un satélite de Rusia en los Balcanes. En 1893 los nacionalistas macedonios formaron la Organización Macedonia Revolucionaria para luchar por la independencia de Turquía, pero la revuelta fue aplastada brutalmente en 1903.

Tras la Segunda Guerra Balcánica, en 1913, Grecia y Serbia expulsaron a los búlgaros y se dividieron el territorio macedonio entre ambos. Tras la Segunda Guerra Mundial se acordó que Macedonia tuviera estatus e república autónoma dentro de la federación yugoslava. La primera gramática macedonia fue publicada en 1952, y se permitió la formación de una Iglesia Ortodoxa macedonia. Al reconocer a los macedonios como un grupo étnico diferente de serbios y búlgaros, las autoridades de Belgrado esperaban debilitar las pretensiones búlgaras sobre Macedonia.

El 8 de septiembre de 1991 se celebró un referéndum sobre la independencia de Macedonia, y el 74% de la población votó a favor de la misma. En enero de 1992 el país declaraba su total independencia de la antigua Yugoslavia. Belgrado retiró sus tropas, y el proceso se llevó a cabo pacíficamente.