No existen pruebas contundentes sobre los orígenes de los pobladores de Praga. En la antigüedad, Bohemia se encontraba en una de las rutas comerciales seguidas por los pueblos del este hacia Occidente según se ha podido deducir de los restos neolíticos encontrados en la zona. Los Boios son el primer pueblo del que se tiene una referencia clara, eran una tribu celta que se estableció en la región entre el siglo V a. C. y el siglo I d.C. y a ellos debe su nombre Bohemia.

A partir de esta época se suceden las invasiones de distintas tribus, primero los Cuados y los Marcomanos, más tarde los Eslavos Occidentales, los Moravos y los Checos y a principios del siglo VII, los Avaros, que se agrupan con otras tribus eslavas formando un principado en las tierras de Bohemia y Moravia que algo más tarde caerán bajo el dominio de Carlomagno.

La decadencia del Imperio Carolingio supondrá el inicio de la independencia ya en el siglo IX, comenzando a denominarse a los habitantes de la zona como Checos que hablan la lengua eslava en la variante dialectal de Bohemia y la escriben con alfabeto latino. En el siglo X, el Estado Checo se consolida bajo la dinastía de los Premyslitas, siendo Praga su capital.

La fundación de Praga tiene su propia leyenda. Se cree que fue fundada en el siglo IX como materialización de la visión que tuvo Libuse, una princesa de la tribu Cech, en el monte Vysehrad. Libuse vio una ciudad tan maravillosa que se dice que su esplendor superaba al de las estrellas. La joven se casó con el labrador Premysl, que hizo realidad su sueño y fundó la dinastía de los Premyslitas. El Castillo de Hradcany y su recinto, situados al otro lado del Moldava, fueron construidos por el primer gobernante Premyslita, el duque Brivoj, en el siglo IX. Václav, su nieto y duque de Bohemia, levantó una iglesia dedicada a San Vito dentro del recinto antes de ser asesinado por su propio hermano en el año 929. Canonizado después con el nombre de San Wenceslao, este gobernante se convirtió en el patrón del país. El castillo de Praga era, en su origen, una simple estructura de madera rodeada por un foso, pero, en 1135, el príncipe Sobeslav llevó a cabo una importante reconstrucción convirtiéndolo en una fortaleza románica cuyas murallas y torres de vigilancia protegían la catedral de San Vito, la Basílica, el Convento de San Jorge, la Residencia del Obispo y el Palacio Real.

En 1157 una riada destruyó el puente de madera que cruzaba el Vltava siendo reemplazado por uno de piedra, al que se dio el nombre de Judith, en honor a la esposa del duque Vladislav, primer rey de Bohemia. En este tiempo el barrio del otro lado del río, denominado Staré Mesto o Ciudad Vieja, se había convertido en un importante centro comercial internacional que había hecho de Praga la principal ciudad de Bohemia con una población muy numerosa con una destacada comunidad judía que vivía confinada tras las murallas de un gueto, en el actual barrio de Josefov. El conjunto de la ciudad estaba rodeado de fortificaciones, iniciadas alrededor de 1230, que se extendían a lo largo de lo que hoy día son las calles de Národní, Na prikov (del Foso) y Revolucní. En 1257 nace un tercer barrio en la ciudad bajo las ordenes del rey Ottokar II, la 'ciudad nueva', construida a los pies del Castillo de Praga y que hoy en día se denomina Malá Strana o Parte Pequeña. Esta parte creció alrededor de la Malostranské námestí, plaza formada sobre los últimos terraplenes del castillo, y en ella se instalaron varios mercados, tiendas y casas de harineros, cerveceros, abogados, médicos y burgueses ricos. Se construyó también un ayuntamiento cerca de la primera iglesia de San Nicolás (1283), y el monasterio agustino de Santo Tomás, en la calle Letenská. En el siglo XIV se levantaron en esta zona el convento y la iglesia carmelitas de santa María Magdalena, en la actual Karmelitská.

El monarca más importante para la ciudad durante la Edad Media fue Carlos IV, rey de Bohemia desde 1346 y, posteriormente, soberano del Sacro Imperio Romano. Este rey se había formado en la prestigiosa Universidad de París y deseaba convertir a Praga en un importante centro cultural y artístico. En 1348 fundó una universidad, la primera del país, que atrajo estudiosos de toda Europa como Cola di Rienzi y el canciller de Bohemia, Johann de Neumark. En 1356 la universidad se trasladó al Carolinum, su sede actual. Durante el reinado de Carlos IV se construyeron numerosas obras arquitectónicas en la Ciudad Vieja y se remodelaron otros como la iglesia de Tyn. En Hradcany, el monarca encargó a Mathieu d`Arras y al renombrado Petr Parlér la reconstrucción en estilo gótico de la Catedral de San Vito. Este barrio se amplió rápidamente hasta Loretánská, donde Parlér tenía su casa, el actual palacio Hrzán y hacia la zona del monte Petrín, llamada Novy Svet. Carlos IV decidió también limitar la Parte Pequeña con un sistema de fortificaciones que incluía la 'Muralla del Hambre', proyecto de obras públicas destinado a ayudar a los más pobres de la ciudad y del que todavía se conserva en parte.

Con la construcción de la Ciudad Nueva Praga se transformó en la mayor ciudad de la Europa medieval. Resulta admirable también por haber sido construida siguiendo un proyecto previo en el que se planificaron estrictamente desde la anchura de las calles y la altura de las casas, hasta los materiales de construcción utilizados.

La muerte de Carlos IV, en 1378, coincide con el inicio del gran cisma de Occidente, en el que tres papas se disputan el control de la cristiandad y aumentan las tensiones entre los poderes secular y eclesiástico. La hija de Carlos IV, Ana de Bohemia, casada con Ricardo II de Inglaterra en 1382, fomenta en Praga las ideas reformistas del teólogo inglés John Wycliffe, a quien apoyaba también Jan Hus, profesor de la Universidad de Praga que será nombrado en 1402 predicador de la recién fundada Capilla de Belén. En este edificio con aspecto de granero, diseñado así para poner de manifiesto el lujo de las iglesias góticas, Hus predicaba a favor de la vuelta a los preceptos y valores cristianos básicos, la redistribución de los bienes de la Iglesia y un mayor respeto por las Escrituras.

Bajo el reinado de Wenceslao IV se agudizan las tensiones nacionalistas entre checos y alemanes. Por otro lado, Jan Hus redobla sus condenas a la Iglesia lo que provoca su excomunión. En 1415, tras obtener un salvoconducto del Emperador Segismundo, abandona la ciudad viajando a Constanza, Suiza, donde el Concilio de la Iglesia había prometido recibirle, pero al llegar allí es detenido y condenado a la hoguera en la que perece el 6 de julio de ese mismo año.

En Bohemia esta traición exacerbó los ánimos. En 1419, Jan Zelivsky, otro predicador fiel seguidor de Hus, capitaneó la Primera Defenestración de Praga en la que los habitantes pobres de la Ciudad Nueva asaltaron el Ayuntamiento y arrojaron a varios concejales por la ventana.

En 1420 el Papa Martín V proclamó una sangrienta cruzada contra los herejes. Los Husitas, con Jan Zizka al frente, se hicieron fuertes al este de Praga, donde derrotaron al ejército de Segismundo en la batalla de Vítkov. La guerra duró veinte largos años en los que Malá Strana resultó prácticamente destruida. En 1458, con la subida al trono de Jorge de Podebrady, partidario de los reformadores, se acordó una tregua de irregular seguimiento. El conflicto dinástico, iniciado al morir este rey en 1471, se resolvió con la llegada de Fernando I, hermano del emperador alemán, iniciándose el reinado de los Habsburgo que se mantendrá durante cuatro siglos.

Fernando I decide, en 1556, valerse de los jesuitas, las fuerzas de choque de la Contrarreforma, para convertir a los herejes de la ciudad. Durante el siglo y medio siguiente esta Orden compra numerosas propiedades en la Ciudad Vieja que serán en su mayor parte destruidas para levantar el Clementinum, construcción severa con aspecto de fortaleza, símbolo de la moral del catolicismo.

En mayo de 1618 la nobleza protestante, desesperada ante la conducta de los jesuitas, encabeza una manifestación por Hradcany que finaliza con graves disturbios durante los que se arrojan a tres destacados cortesanos por una ventana del castillo. Esta manifestación será conocida como la Segunda Defenestración de Praga y a partir de este momento se inicia uno de los períodos más duros de la historia de la Europa moderna, la Guerra de los Treinta Años.

En 1620 las fuerzas católicas del emperador derrotan a sus oponentes en la batalla de la Montaña Blanca y ocupan la ciudad ejecutando a los disidentes, entre ellos, a los 27 nobles protestantes que habían dirigido la revuelta.

Con el fin de la guerra en 1648 los Habsburgo recuperan el poder. El gobierno austriaco convierte a Bohemia en una provincia más, se confiscan los bienes de la nobleza protestante y se emprende una política de germanización que reprime duramente cualquier muestra de cultura nacional. En Praga, los jesuitas consiguen una total supremacía, continua la construcción del Clementinum que se alargará durante otros dos siglos, el XVII y el XVIII y las demoliciones de antiguos edificios como la iglesia medieval de San Nicolás son continuas. Pero con la llegada de la Ilustración en 1773 y su tolerancia religiosa finaliza el poder de los jesuitas y se confiscan sus propiedades.

El gobierno Habsburgo acabó con las aspiraciones nacionalistas del pueblo checo, sin embargo sirvió para que Praga se convirtiera en la joya barroca de la Corona Austriaca. Contribuyeron a ello artistas italianos, alemanes y nativos como los grandes arquitectos bávaros Christoph y Kilian Dientzenhofer que ejecutaron numerosos proyectos y desempeñaron un importante papel en la ampliación del Clementinum, la edificación de Nuestra Señora de Loreto y la reconstrucción del Castillo. Giovanni Alliprandi diseñó los palacios Hartig y Kaiserstein de la Parte Pequeña y el Palacio Sternberg de Hradcany, mientras Frantisek Kanka fue responsable del Palacio Cernín del monte Petrín, así como de algunas partes del Clementinum y del proyecto de las Terrazas Vrtaba de Karmelitská.

También los escultores dejaron su impronta, Ferdinand Brockoff y Bernhardt Braun ejecutaron muchas de las mejores estatuas del Puente de Carlos, mientras que Johann Bendl añadió varias esculturas a la fachada de San Salvador en Krízovnié námestí. Como pintores destacan Karel Skréta, F. Q. Voget, V. V. Reiner y J. L. Kracker, cuyas obras adornan los muros y techos de las iglesias barrocas más suntuosas de Praga. Algunas de las mejores obras de Skréta se encuentran en la galería del Convento de San Jorge.

El mecenazgo Habsburgo potenció también la música en Praga. Haydn dio en ella conciertos de órgano, Beethoven la visitó en 1796 y Mozart estrenó en Praga en 1787 'Don Giovanni' en el teatro Nostitz (Stavovské) y 1791 supervisa la producción de una nueva ópera, la Clemenza di Tito, encargada por Leopoldo II para su coronación como rey de Bohemia. La coronación de Leopoldo fue un intento de aplacar a la nobleza bohemia que soportaba cada vez peor el gobierno austriaco.

La impuesta influencia alemana en Praga a principios del siglo XIX, dominando la administración, bautizando las calles con nombres alemanes y considerando el alemán como idioma de la buena sociedad, consigue comiencen los movimientos independentistas una vez que la industrialización crea una clase trabajadora checa y esta se une a los estudiantes y a los intelectuales liberales. La situación alcanzó el punto álgido durante las revoluciones de 1848 que fueron sofocadas violentamente por el ejército.

El gobierno Habsburgo se mantuvo permitiendo que los checos y las demás minorías étnicas del extenso Imperio recuperaran su lengua y sus instituciones. En 1881 se inauguró en Praga un teatro checo y, en 1890, un museo nacional. No obstante, en lo que a la autonomía política se refiere, apenas hubo progreso antes de la Primera Guerra Mundial.

Austria-Hungría participó en el conflicto bélico del lado de Alemania y los checos se vieron obligados a hacer lo mismo. En 1915, un profesor de filosofía exiliado, Tomás Masaryk, instó a los checos y eslovacos a organizarse contra el poder central a la vez que, en el frente, miles de soldados checos se pasaban al bando ruso. Se creó una legión especial checa que empezó a combatir del lado de los aliados, lo que bastó para que Gran Bretaña y Francia prometieran a Masaryk la independencia de su país. La promesa se cumplió y el 28 de octubre de 1918 se proclamó en el Obecní dum, sede del ayuntamiento de Praga, la República de Checoslovaquia.

Sin embargo, el nuevo Estado sufrió desde el principio el conflicto entre checos y eslovacos, y entre los primeros y las demás minorías del país, alemanes, húngaros y polacos. La tensión contenida de los sudetes, población de tres millones de alemanes a quienes las grandes potencias habían frustrado la esperanza de unirse a Austria, se convirtió en oposición cuando la crisis económica golpeó la región altamente industrializada que habitaban. Hitler potenciaba su acercamiento al Reich y el gobierno checoslovaco, presidido por Benes, hizo algunas concesiones, si bien siguió manteniéndose firme. Sin embargo, la retirada del apoyo francés en Munich en septiembre de 1938 supuso que seis meses después el ejército alemán ocupara Praga. Esta ocupación nazi fue nefasta sobre todo para los judíos, el noventa por ciento de los habitantes del gueto de Praga, más de 60.000 personas, perecieron en campos de concentración durante la Segunda Guerra Mundial. Aunque el Ejército Rojo cruzó los Cárpatos en octubre de 1944, Praga fue la última capital europea liberada. Su inestimable patrimonio artístico quedó milagrosamente intacto a pesar de los combates. Una parte de la República Checa fue liberada por el ejército de los Estados Unidos.

El Partido Comunista Checoslovaco aprovechó la corriente prosoviética, que recorrió el país después de la guerra, para obtener casi el 40 por ciento de los votos en las elecciones libres celebradas en 1946. En mayo de 1948 los comunistas asumen el poder presentando una constitución tan burda que provoca la dimisión del anterior presidente, Benes. Klement Gottwald es nombrado nuevo presidente, y el ministro de asuntos exteriores, Jan Masaryk aparece muerto en el patio del Palacio Cernín de Praga.

Gottwald y sus sucesores transformaron Checoslovaquia en un estado totalitario y satélite de la Unión Soviética. Se nacionalizó la industria, se colectivizó la agricultura y se obligó a los checos a votar en favor de la entrada en el Pacto de Varsovia.

En los años sesenta se empezaron a exigir pequeños cambios políticos y económicos desde el propio Partido Comunista. En enero de 1968, Antonín Novotny, partidario de la línea dura, fue sustituido en el cargo de secretario del partido por el reformista Alexander Dubcek, cuyo lema era: 'socialismo de rostro humano'. Durante la Primavera de Praga los checos disfrutaron de una libertad que no conocían desde hacia más de treinta años, pero los soviéticos al ver cambios tan audaces como la supresión de la censura, la rehabilitación de antiguos disidentes y la puesta en duda de la ortodoxia económica y el papel dirigente del Partido acabaron con esta breve apertura entrando con sus tanques en Praga el 21 de agosto de 1968.

Durante los veinte años siguientes, Checoslovaquia fue gobernada duramente por Gustáv Husák que expulsó del Partido Comunista a una tercera parte de sus miembros, despidió a más de un cuarto de millón de funcionarios y provocó el exilio de más de 50.000 checos mientras que a los más destacados intelectuales se les prohibió ejercer su profesión. Esta situación provocó graves incidentes como el ocurrido el 6 de enero de 1969 cuando un estudiante de filosofía de veinte años, Jan Palach, se prendió fuego en la Plaza San Wenceslao o el acaecido seis semanas después cuando Jan Zajíc siguió su trágico ejemplo. Otros, como el dramaturgo Václav Havel, tomaron otro tipo de medidas, en 1977 se funda el movimiento de la Carta 77 para controlar las actividades del Gobierno e instarle a cumplir los acuerdos de Helsinki sobre los derechos humanos. La aparición en la URSS de Mijail Gorbachov en los años ochenta con su política aperturista remueve también a los países satélites dando como fruto los tumultuosos acontecimientos de 1989, cuando toda la Europa del Este se libera de la influencia soviética.

En la República Checa, este período se conoce como la Revolución de Terciopelo. El 17 de noviembre de 1989 15.000 personas se congregan en Vysehrad en el aniversario de la muerte del estudiante Jan Opletal durante la ocupación nazi. Los manifestantes se dirigían a la Plaza San Wenceslao cuando la policía les cortó el camino dejando que varias unidades de boinas rojas cargaran contra ellos. Los actores y empleados de teatro respondieron convocando una huelga que convirtió los escenarios en foros de debate político de los que surgió el Foro Cívico nacido en el teatro Drama Club. A este grupo se unen rápidamente los estudiantes, grupos de manifestantes alumbrados con velas recorrían constantemente el centro de la ciudad y los discursos políticos eran continuos resultando especialmente emotivos el momento en que la cantante prohibida Marta Kubisová cantó el himno nacional ante un público extasiado y la reaparición del antiguo héroe Alexander Dubcek. Estos hechos provocaron que el Gobierno y el Partido se abrieran al diálogo. El 26 de noviembre los dirigentes de Foro Cívico y el Comité Central del Partido inician las conversaciones que darán como fruto el 1 de enero de 1993 la división pacífica de la República de Checoslovaquia en dos nuevos estados, la República Checa con Praga como capital y Eslovaquia. En esa fecha también entra en vigor la Constitución de la República Checa y desde 26 de ese mismo mes Václav Havel es el Presidente de la República.